キンギョには約25の品種がある。品種には突然変異によるものと、交雑によるものの2種類に大別できる。そもそも中国から伝来したワキンがフナの突然変異によるものだった。ワキンの突然変異によって、リュウキンやアカデメキン、マルコが生まれた。背びれのないランチュウはマルコが突然変異したもの。交雑の例としては、フナとリュウキンからテツギョが、ワキンとリュウキンからワトウナイが生まれている。比較的新しい品種としては、ハマニシキのほか、昭和になってから原産地の中国から輸入されたスイホウガンやタンチョウ、合衆国から輸入されたコメットがある。
なお、キンギョの品種はそれほど固定したものではない。たとえばイヌであれば、チワワ同志の交配ではチワワが必ず生まれるわけだが、キンギョではそうではない。たとえばキンギョに特徴的な尾ひれの形である、左右に分かれた形（大きく左右1，真ん中上側1，上側が先で割れていれば4つ尾、割れていなければ3つ尾）の鰭を持たずに生まれて来るものがかなり多い。フナと同じ様な鰭のものを鮒尾といい、生まれて来る子の半分近くがこれである。また、中央上側が鮒尾の上半分になったものをつまみといい、これもかなり出る。したがってこれらを取りのけなければキンギョの形にはならず、この選別作業は稚魚養育において重要な段階である。ランチュウでは、背びれが出るもの、背中に棘がでるものなどもあって、一応まともにランチュウの姿になるものでも1割に満たない。そのため一尾ごとの値段もばらつきがあり、最高クラスの姿になると50万程度の値がつくことも珍しくは無い。
ペットショップにて売られている安価な金魚や金魚すくいに使われる金魚は、このように業者によって選別された、比較的価値が低めの金魚である場合がほとんどである。そのため品評的な価値は（飼育者が満足する部分を除いては）ゼロである。
